Les Huîtres se nourrissent de phytoplancton en suspension dans la colonne d’eau. En ce qui concerne la manière de se nourrir, les branchies retiennent à leur surface les particules en suspension dans l’eau qui a été filtrée préalablement. Ces particules seront par la suite enrobées de mucus pour être conduite à la bouche grâce à de petits cils microscopiques qui les font se déplacer par battements.
Les particules trop lourdes tombent sur le manteau pour être ensuite transformées et évacuées dans la chambre exhalante.
Le système digestif est constitué d’une bouche qui s’ouvre à l’aide de deux palpes labiaux, d’un court œsophage qui conduit les aliments jusqu’à l’estomac entouré de diverticules digestifs qui se terminent par l’anus, situé au dessus du muscle adducteur, dans la chambre exhalante.
Le trajet complet d’un aliment dans le tube digestif d’une huître dure de 80 à 150 minutes.